Original paper
Reproduzierbarkeit von aDNA-typing
[Reproducibility of aDNA typing]
Schmerer, Wera M.; Hummel, Susanne; Herrmann, B.
Anthropologischer Anzeiger Volume 55 No. 2 (1997), p. 199 - 206
17 references
published: Jun 1, 1997
DOI: 10.1127/anthranz/55/1997/199
ArtNo. ESP140005502011, Price: 29.00 €
Kurzfassung
Die Reproduzierbarkeit der Amplifikation von Short-Tandem-Repeats (STRs) aus aDNA Extrakten wird durch Artefaktbildung währen der PCR begrenzt. Eines dieser Artefakte, das sogenannte allelic-dropout (Ausfall der Amplifikation von Allelen), kann zu falsch-homozygoter Typisierung einer Probe führen, wenn die Genotypisierung auf der Auswertung lediglich eines Amplifikationsproduktes beruht. In einem Blindversuch wurden 30 Zahn- und Knochenproben untersucht, die von 17 Skelettindividuen dreier Grabungsorte stammten. Mit Hilfe der Polymerase Chain Reaction (PCR) wurden die beiden unabhängig segregierenden STR-Loci HUMVWA und HUMTH01 amplifiziert. Gemäß einer mathematischen Abschätzung wurden mehrfache Amplifikationen und Alleldeterminationen je Probe und Genort durchgeführt. Die Ergebnisse dieser Genotypisierung wurden intraindividuell verglichen.
Abstract
The reproducibility of short tandem repeat (STR) amplification of aDNA extracts is limited by means of formation of artifacts during PCR. One of these artifacts, the so called allelic-dropout (failure of the amplification of alleles), may result in false-homozygote typing of a sample, if genotyping is based on the analysis of a single amplification product. 30 tooth- and bone samples collected from 17 individuals of three burial sites were investigated in a blind test. Using the polymerase chain reaction (PCR) the two indipendant segregating STR-loci HUMVWA and HUMTH01 were amplified. Corresponding to a mathematical estimation, multiple amplifications of each sample and genelocus were carried out. The results of this genotyping were compared intraindividually.
Keywords
short tandem repeat (STR) • allelic-dropout • homozygote typing • teeth • bones