Dans l’ensemble, l’étude des Zygnémales a inspiré plus de naturalistes algologues que celle des autres groupes de Chlorophycées. La majeure partie d’entre eux, il-est vrai, ont consacré leur travaux aux Desmidiacées; nombreux cependant ceux qui ont contribué à la connaissance cytologique et systématique des Zygnémacées.
Si celles-ci sont connues depuis fort longtemps et si, dès le début de leur étude les observateurs ont été frappés par leur mode particulier de reproduction, ce n’est cependant que peu à peu qu’elles prendront place parmi les Chlorophycées.
En 1897, Wille reconnaît parmi les Algues vertes deux groupes distincts : les Chlorophycées proprement dites et les Conjuguées (dans lesquelles sont incluses les Zygnémales). Cette nette séparation entre Chlorophycées et Conjuguées, basée uniquement sur l’absence chez ces dernières de corps reproducteurs flagellés, ne cadrera rapidement plus avec les conceptions de la Phycologie. En 1902, Blackmann et Tansley reconnaissent quatre classes dans les Algues vertes ou Chlorophycées : les Isocontées, les Stéphanocontées, les Acontées (Conjuguées) et les Hétérocontées, ces dernières en seront plus tard exclues. En 1916, West reprend les quatre divisions primaires ci-dessus, mais il crée l’ordre des Conjugatae (Acontées). Plus récemment Fritsch (1936) divise les Algues en onze classes parmi lesquelles les Chlorophycées; celles-ci comportent neuf ordres : les Volvocales, Chlorococcales, Ulotrichales, Cladophorales, Chaetophorales, Oedogoniales, Conjugales, Siphonales et Charales. Les Conjugales sont subdivisées en deux sous-ordres: les Euconjugatae (Mesotaenioideae et Zygnemoideae) et les Desmidioideae.
Il faut arriver en 1960, avec les travaux de Chadefaud pour que les observations cytologiques et systématiques accumulées depuis près de deux siècle aboutissent à une classification rationnelle de ce qui constituait les Algues ou Phchphytes. Leur systématique, pour cet auteur repose essentiellement sur des caractères cytologiques et cytochimiques, l’anatomie et la morphologie n’interviennent que secondairement. Il divise les Algues eucaryotes en trois embranchements, dont les Chlorophycophytes ou Chlorophycées; ces dernières sont subdivisées en trois sous-embranchements : les Euchloropllyceés à cellules nageuses isocontées, les Zygophycées sans cellules nageuses, et les Charophycées à cellules nageuses particulières. Les Zygophycées correspondent aux Acontées ou Conjuguécs des anciens auteurs et comme celles-ci comportent trois ordres: les Mesotaeniales, les Zygnémalcs et les Desmidiales.