Contribution
Comparative molecular analysis of small-subunit ribosomal 18S DNA sequences from Haynesina germanica (Ehrenberg, 1840), a common intertidal foraminifer from the North Sea
Langer, Martin R.
Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie - Monatshefte Jg. 2000 Heft 11 (2000), p. 641 - 650
19 références bibliographiques
publié: Oct 13, 2000
DOI: 10.1127/njgpm/2000/2000/641
ArtNo. ESP157200011000, Prix: 19.00 €
Abstract
Evidence of substantial intraspecific molecular gene sequence variability has recently been presented for large subunit ribosomal DNA (rDNA) in species of the benthic foraminifer Ammonia. This analysis is based on studies of small-subunit ribosomal RNA genes (srDNA) and reports on the intraspecific gene sequence heterogeneity in the benthic foraminifera Haynesina germanica (Ehrenberg 1840), a ubiquitous intertidal species from the North Sea. Nucleotide sequences were determined for nuclear srDNA for 5 clones isolated from the Crildumersiel (North Sea). The sequences were compared with a sequence previously obtained for a North Atlantic isolate of the same species. The sequence fragments are between 953 and 959 base pairs (bp) long, with an average GC content of 41.94 %. Sequence differences among strains of Haynesina germanica remain comparatively low and range between 0.31 and 1.24 %. Variations occur at 12 sites and include 3 single-base and 3 ditypic indels plus a serial repeat of triple T’s. The low degree of intraspecific sequence heterogeneity is somewhat higher than in other amoeboid rhizopods (Hartmanella), but considerably lower than in large-subunit genes of some species of Ammonia. Molecular phylogenetic and comparative sequence analysis, in addition to the low degree of sequence divergence, identifies the North Sea and the North Atlantic strains as representatives of the same species. The determination of nuclear gene sequence heterogeneity provides new insights into the deliniation of species at the molecular level.
Kurzfassung
Neue molekulargenetische Untersuchungen an benthischen Foraminiferen haben signifikante intraspezifische Variabilitäten in den Gensequenzen für die grosse Untereinheit (28S LSU-rRNA) ribosomaler RNA dokumentiert. Dies zeigt, daß sich eine Art nicht nur durch eine einzige artspezifische Gensequenz charakterisieren lässt, sondern durch eine Population von Gensequenzen repräsentiert wird. Intraspezifische Untersuchungen zur genetischen Variabilität an anderen Genen benthischer Foraminiferen liegen bis heute aber nicht vor. Im Rahmen der hier durchgeführten Untersuchungen wurde deshalb die molekulargenetische Variabilität im konservierteren ribosomalen 18S rRNA Gen von Haynesina germanica, einer benthischen Kleinforaminifere aus dem Gezeitenbereich der Nordsee, untersucht und mit einer bereits vorliegenden Sequenz aus dem Nordatlantik verglichen. Die sequenzierten 18S rDNA Fragmente weisen eine Länge von 953 bis 959 Nukleotiden auf und haben einen durchschnittlichen GC-Gehalt von 41.94 %. Die intraspezifische genetische Variabilität liegt zwischen 0.31 und 1.24 %. Sie liegt damit etwas höher als in anderen amöboiden Rhizopoden, aber deutlich niedriger als in den 28S rRNA-Genen anderer benthischer Foraminiferen. Molekularphylogenetische Analysen und vergleichende Untersuchungen der Sequenzen zeigen darüberhinaus, daß es sich bei den Individuen der Nordsee und des Nordatlantiks um nur eine einzige Art, Haynesina germanica, handelt. Die neuen genetischen Analysen zur intraspezifischen Variabilität stellen somit ein wichtiges Hilfsmittel zur quantitativen Abgrenzung benthischer Foraminiferenarten dar.
Mots-clefs
molecular gene sequence variability • amoeboid rhizopods • benthische Foraminiferen • Nordatlantik